В 1514 году потребовалась опись имущества монастыря, а уже к середине XVI века монастырь стал крупнейшим собственником Поморья: ему принадлежали леса, деревни, солеварни, пажити, озера, рыбные ловища. В XVI-XVII веках на соловецких соляных варницах добывалось 100-140 тысяч пудов соли (1600 – 2240 тыс. тонн), предназначавшейся для вывоза на внутренний рынок.
Сегодня мало известен тот факт, что поморская соль была «черной». Черную соль запекали на хлебной основе, с добавлением перетертых ржаных зерен и с морскими водорослями. Эта соль имела вид ржаной буханки, и при прокаливании приобретала черный цвет. Соль доставалась большим трудом, ценилась высоко и приносила огромный доход. От одной "вари", менее, чем за двое суток опытный солевар получал около 200 пудов "белого золота". Учитывая, что в 1662 году пуд соли продавался на серебряные деньги – рубль, два алтына и четыре деньги, можно без труда понять, сколько зарабатывали на торговле солью монастыри.

Филипп Колычев, митрополит Московский и Всея Руси

На фоне экономического подъема и усилившегося влияния соловецкого монастыря, через год после канонизации Савватия и Зосимы, игуменом монастыря стал Филипп Колычев. Родился он в 1507 году, служил при дворе, и решение «удалиться в пустыню» и «посвятить себя на служение Богу» принял после очередной «зачистки» Ивана Грозного: в ходе расправы с мятежным князем Андреем Старицким были казнены родственники Филиппа. После скитаний по Прионежью Филипп принимает постриг в Соловецком монастыре. А уже в 1548 году, на 41 году жизни, братия монастыря единодушно поддержала игуменство Филиппа, что и было утверждено новгородским архиепископом Феодосием.
Организаторский талант Филиппа нашел свое применение. Будучи деятельной натурой, молодой игумен смог не только оценить, но и применить экономическую мощь Соловецкого монастыря. Филипп начинает каменное строительство, при нем возводятся храмы, строятся каналы, прокладываются дороги, обустраиваются гавани. Молодой игумен снискал себе славу и в упорядочении управления вотчинами, развил и продолжил традиции книжничества и иконописи. Слава Филиппа достигла царского двора, и, не смотря на принадлежность к опальному роду, душевную и родственную близость к опальному городу Новгороду, косвенную причастность к побегу очередного соловецкого заключенного – игумена Троице-Сергиева монастыря Артемия – Филипп получает от Ивана Грозного настоятельное предложение митрополии.

От Филиппа до Елеазара

Через два года после смерти Филиппа в Белом море появились шведы – соперники Руси за владение Севером. К тому времени договор между Норвегией и Новгородом от 1251 года, по которому племена Беломорья и Кольского полуострова стали данниками Северной Руси, уже не соблюдался. Московия разгромила Северную Русь.
Но, судя по всему, угроза со стороны шведов сначала была более «гипотетической», поскольку строительство первого деревянного острога началось только с появлением на Соловках воеводы, то есть через семь лет после первого появления «потенциального» противника. С этого момента монастырь берет на себя организацию обороны Беломорья. В следующем году воевода погибает в стычке со шведами – наверное, им не понравилось появление крепости на территории «спорных» островов.
И еще через три года начинается строительство знаменитой Соловецкой крепости, ставшей крупнейшей регулярной крепостью Северной Европы. Трудоемкость процесса валунной постройки и сегодня поражает любого, приехавшего на Соловки.
В годы «смутного времени» монастырская крепость сохранила лояльность Московии, благодаря чему Русский Север остался русским.